J. Basanavičius nuo sunaikinimo išgelbėjo Vilniaus simbolį − Gedimino bokštą. 1911 m. carinė rusų valdžia buvo parengusi projektą, pagal kurį Gedimino pilies kalną planuota panaudoti vandentiekio reikalams − ant Gedimino pilies kalno turėjo būti įrengtas vandens rezervuaras. J. Basanavičiaus iniciatyva Lietuvių mokslo draugija kreipėsi į rusų valdžią, prašydama neleisti ardyti Gedimino pilies. Nepavykus susitarti su vietos valdžia, J. Basanavičius nuvyko į tuometinę Rusijos sostinę Peterburgą, kur, siekdamas apsaugoti Gedimino pilį nuo sugriovimo, susitiko su aukštais valdžios pareigūnais. Netrukus po J. Basanavičiaus vizito į Peterburgą buvo uždrausta ardyti Gedimino pilies kalną ir jame statyti vandens rezervuarą [10, 17].

J. Basanavičius tyrinėjo Lietuvos istoriją, tautosaką, išleido mokslinių veikalų [9, 10, 17]. Parašė studiją „Vilnius lietuvių dainose” [10]. Pasak J. Basanavičiaus, „lietuvių dainos yra senovės paminklai, kuriuose randame daug žinių apie Vilnių. < … > Dažnai aprašyta jose tūli atsitikimai, kurių Vilniuje būta įvairiais laikais. Dainos žino minėti ne tik Vilnių, bet pažįsta labai gerai ir patį miestą su jo bromais, brukuotomis gatvėmis ir kai kada aprašo gamtos ypatybes – aukštus kalnus mieste ir jo apygardoje. < … > Iš dainų taipogi aišku, kokios svarbos Vilniaus miesto turėta visos tautos gyvenime ir jos likime. Vilnius, seniau gulėdamas viduryj etnografinės Lietuvos teritorijos, visados turėjo dideliausią atrakciją į josios gyventojus kaip laimingais, taip ir nelaimingais tautos gyvenimo momentais, kaip mums rodo Lietuvos istorija“ [2].

1919 m. Lenkijos kariuomenei užėmus Vilnių, J. Basanavičius nepasitraukė į Kauną, kaip daugelis lietuvių veikėjų. Jis iki pat savo mirties gyveno Vilniuje. Už tai būdavo pagarbiai vadinamas dar ir „lietuvybės sargybiniu, likusiu savo poste“ [13].

Simboliška, kad J. Basanavičius mirė Lietuvos nepriklausomybės paskelbimo dieną – Vasario 16-ąją. Tą pačią dieną, 1889 metais, mirė ir jo žmona Gabriela Eleonora Mohl. J. Basanavičius buvo palaidotas Vilniuje, Rasų kapinėse su ypatinga pagarba. Laidotuvėse tuo metu lenkų okupuotame Vilniuje dalyvavo tūkstančiai įvairių tautybių žmonių, o pati laidotuvių eisena buvo nusitęsusi arti kilometro [10, 15, 17]. Išlikęs kino siužetas apie Lietuvos patriarcho laidotuves Vilniuje yra įtrauktas į Lietuvos nacionalinį  registrą. Tai yra seniausias Lietuvoje išlikęs originalios laikmenos kino filmas – unikalus savo turiniu ir veiksmo vieta [19].
1929 m. ant J. Basanavičiaus kapo buvo pastatytas skulptoriaus R. Biknerio sukurtas masinės gamybos antkapinis paminklas, kuriame iškalti šie J. Basanavičiaus žodžiai: „Kada mes jau in dulkes pavirsim, jei lietuviška kalba bus tvirta pastojus, jei per mūsų darbus Lietuvos dvasia atsikvošės, tąsyk mums ir kapuose bus lengviau smagiau ilsėtis“ [6].

Išleista J. Basanavičiaus biografinė knyga „Mano gyvenimo kronika ir nervų ligos istorija, 1852–1922 m.“ [1].
Apie mokslininko gyvenimą ir veiklą rašoma J. Basanavičiaus žmonos knygoje „Mano Tėvynė – prie jo širdies: Gabrielos Eleonoros Mol-Basanavičienės dienoraštis ir laiškai“ (Vilnius, 2009), leidinyje „Lietuvos atgimimo patriarcho d-ro Jono Basanavičiaus gyvenimo vaizdų albumas su biografija, 1851–1927: 1927–1937“ (Kaunas, 1937), kunigo Petro Kraujalio knygelėje „Daktaro Jono Basanavičiaus laidotuvės“ (Vilnius, 1927). Išleista Adolfo Nezabitauskio monografija „Jonas Basanavičius“ [10], Eligijaus Railos knyga „Lietuvystės Mozė: Jono Basanavičiaus gyvenimo ir ligos istorija“ (Vilnius, 2019). Apie J. Basanavičių rašoma leidiniuose: „100 iškiliausių Lietuvos žmonių“ (Vilnius, 2009), Tomo Venclovos „Vilniaus vardai“ (Vilnius, 2006), Nastazijos Kairiūkštytės ir Almos Gudonytės „Lietuvybės kovų verpetuose: Vilniaus ir Seinų kraštai XIX a. pabaigoje – XX a. pradžioje“ (Vilnius, 2009), Antano Rimvydo Čaplinsko „Vilniaus atminimo knyga: mieste įamžintos asmenybės“ (Vilnius, 2011), Rapolo Mackonio „Senoji vilniečių karta: portretų eskizai“ [8], Tomo Sakalausko „Missa Vilnensis“ [15], Gražutės Šlapelytės-Sirutienės „Vilnijos atgarsiai“ [17], Salio Šemerio atsiminimuose „Žmonės mano gyvenime“ (Klaipėda, 1997), „Visuotinėje lietuvių enciklopedijoje“ [9]. Daug informacijos apie J. Basanavičių pateikiama interneto svetainėje adresu.

1967 m. J. Basanavičiaus atminimui įamžinti Vilniuje, prie Domaševičiaus g. 9 (Naujamiesčio seniūnija)namo pagrindinio fasado buvo pritvirtinta memorialinė lenta. Čia J. Basanavičius gyveno 1920−1927 m. [18].

1972 m. memorialinė lenta pritvirtinta Vilniuje prie Latako g. 1/2 (Senamiesčio seniūnija) namo pagrindinio fasado. Šiame name J. Basanavičius su pertraukomis gyveno 1905-1915 m. [16].

Kaip rašoma ant pastato Lydos g. 6 / Pranciškonų g. 3 („Senamiesčio seniūnija”) esančioje memorialinėje lentoje, J. Basanavičius yra kurį laiką gyvenęs čia 1908–1917 m. įsikūrusios Lietuvių mokslo draugijos patalpose.

J. Basanavičiaus mirties vieta − namas Vilniaus g. 25 (Senamiesčio seniūnija), tuometinės ligoninės pastatas, taip pat pažymėta lietuvių tautos patriarcho atminimui skirta memorialine lenta [3].

1997 m. Jono Basanavičiaus vardas suteiktas Vilniaus miesto vidurinei mokyklai, įsikūrusiai S. Konarskio g. 27. Mokykloje įkurtas dr. J. Basanavičiaus Atminimo kambarys (vėliau pertvarkytas į Etnokultūrinio ugdymo centrą), kuriame sukaupta daug medžiagos apie J. Basanavičiaus veiklą Vilniaus krašte [5, 12]. 2001 m. lapkričio 20 d. minint J. Basanavičiaus 150-ąsias gimimo metines Vilniaus Jono Basanavičiaus vidurinės mokyklos kieme atidengtas paminklinis akmuo J. Basanavičiui pagerbti. Paminklinis akmuo savo kontūrais primena Lietuvos žemėlapį. Šį paminklą sukūrė Lietuvos dailės akademijos magistrantas Mindaugas Tenzegolskis [7].

2001 m. Vilniuje, prie Santariškių klinikų (Santariškių g. 2, Verkių seniūnija) buvo pastatytas paminklas − koplytstulpis J. Basanavičiui atminti [14].

J. Basanavičius pavardė iškalta Lietuvos tūkstantmečiui skirtoje skulptūroje „Vienybės medis“ (skulpt. Tadas Gutauskas), kurioje minimos 100 iškiliausių visų laikų Lietuvos asmenybių. Skulptūra pastatyta 2009 m. Vilniaus Vingio parke (Vilkpėdės seniūnija).

2005 m. guodžio 5 d. minint Didžiojo Vilniaus Seimo 100-ąsias metines Lietuvos nacionalinės filharmonijos rūmuose atidengtas skulptoriaus G. Jokūbonio sukurtas J. Basanavičiaus kamerinės skulptūros paminklas − ant aukšto granitinio postamento stovinti bronzinė skulptūra. J. Basanavičius pavaizduotas skaitantis svarbiausią Lietuvos valstybės atkūrimo dokumentą – 1918 m. vasario 16-osios Nepriklausomybės Aktą [11].

2018 m. lapkričio 23 d. Vilniuje, aikštėje priešais Lietuvos nacionalinę filharmoniją (Aušros Vartų g. 5), buvo iškilmingai atidengtas paminklas tautos patriarchui Jonui Basanavičiui, jo 167-ojo gimtadienio proga. Paminklo autoriai – skulptoriai Gediminas Piekuras ir Algirdas Rasimavičius, architektas Gediminas Antanas Sakalis. Ant neaukšto, 45 cm pjedestalo, pastatyta 2 m 70 cm aukščio dr. Jono Basanavičiaus skulptūra [20] (žr. taip pat adresu).

Vilniaus Naujamiesčio mikrorajone Jono Basanavičiaus vardu pavadinta gatvė [4].
Nuo 1997 m. Vilniuje veikia J. Basanavičiaus draugija [9].

2015 m. Lietuvos mokslų akademijos Vrublevskių biblioteka išleido pirmąją dalį leidinio „Jonas Basanavičius: bibliografijos rodyklė”. Jį sudarė Jadvyga Kulikauskienė. Bibliografijoje suregistruoti J. Basanavičiaus gyventu laikotarpiu ir vėlesniais metais išleisti darbai: istorinės ir folkloro studijos, tautosakos rinkiniai, straipsniai, dokumentai, laiškai bei smulkesnės publikacijos. Iš viso − 2456 anotuoti aprašai, suteikiantys žinių apie 1875–2013 m. paskelbtus įvairios apimties J. Basanavičiaus tekstus. Bibliografijos rodyklės sudarytoja parengė pratarmę „Prisiminkime Lietuvos mylėtoją”. Knygoje pateikiamas literatūros tyrėjo, dr. Sigito Narbuto įžanginis straipsnis „Jono Basanavičiaus bibliografija – jo tarnystės kalbai, mokslui ir tėvynei ženklai”, nurodomos „Jono Basanavičiaus gyvenimo ir veiklos datos”. Yra asmenvardžių ir vietovardžių rodyklės. Leidinys iliustruotas J. Basanavičiaus knygų viršeliais ir kt. Šiuo metu rengiama antroji bibliografijos rodyklės dalis „Jono Basanavičiaus gyvenimas ir veikla”.

2. Basanavičius, Jonas. Vilnius lietuvių dainose // Basanavičius, Jonas. Rinktiniai raštai. − Vilnius, 1970. – P. 494-567.

3. Bauža, Česlovas. Lietuvių sanitarinės pagalbos draugijos ligoninės pastatas / Česlovas Bauža, Nijolė Lukšionytė. – Iliustr. // Lietuvos TSR istorijos ir kultūros paminklų sąvadas. – Vilnius, 1988. – T. 1, p. 180-181.

4. Čaplinskas, Antanas Rimvydas.Vilniaus gatvės. − Vilnius, 2000, p. 25-26, 125, 228, 316.

5. Gadeikis, Liudvikas. Jono Basanavičiaus vardas − Vilniaus 27-ajai vidurinei mokyklai. − Iliustr. // Lietuvos aidas. − 1997, geg. 24, p. 3.

6. Girininkienė, Vida. Vilniaus kapinės. – Vilnius, 2004, p. 78-79.

7. Jarutienė, Jovita. Paminklą J. Basanavičiui sukūrė dailės magistras. − Iliustr. // Lietuvos rytas. − 2001, lapkr. 21, priedas „Sostinė”, p. 2.

8. Mackonis, Rapolas. Jonas Basanavičius (1851-1927). − Iliustr. // Mackonis, Rapolas. Senoji vilniečių karta: portretų eskizai. − Vilnius, 1999. − P. 30-40.

9. Miknys, Rimantas. Basanavičius Jonas. – Portr. // Visuotinė lietuvių enciklopedija. − Vilnius, 2002. – T. 2, p. 690-691.

10. Nezabitauskis, Adolfas. Jonas Basanavičius. − Vilnius, 1990. − 539, [5] p.: iliustr.

11. Pačtauskaitė, Laura. Joną Basanavičių primins kamerinis paminklas Vilniuje. – Portr. // XXI amžius. – 2005, gruod. 7, p. 1.

12. Remeika, Rimantas. Dr. Jono Basanavičiaus vidurinė mokykla. − Iliustr. // Mokslas ir gyvenimas. − 2001, Nr. 11, p. 18-19.

13. Rudis, Gediminas. Nepriklausomybės atgavimas. – Iliustr. // Lietuva: praeitis, kultūra, dabartis: [sudarytojas Saulius Žukas]. – Vilnius, 1999. – P. 154-163. − Bibliogr.: p. 295.

14. Sakalauskas, Algimantas. Paminklas dr. Jonui Basanavičiui, Vilnius, Santariškės: [koplytstulpis: fotografija]. − Iliustr. // Tautodailės metraštis. − 2001, Nr. 6, p. 62.

15. Sakalauskas, Tomas. „1905 metų liepos 31-osios vidurnaktį dr. Jonas Basanavičius … sugrįžo į Lietuvą…”. − Iliustr. // Sakalauskas, Tomas. Missa Vilnensis. − Vilnius, 2006. − P. 162-173.

16. Strazdūnaitė, Rita. Niškovskio viešbučio namas / Rita Strazdūnaitė, Antanas Tyla. – Iliustr. // Lietuvos TSR istorijos ir kultūros paminklų sąvadas. – Vilnius, 1988. – T. 1, p. 320-321.

17. Šlapelytė-Sirutienė, Gražutė. Atsiminimai apie Vilnių ir Joną Basanavičių. − Iliustr. // Šlapelytė-Sirutienė, Gražutė. Vilnijos atgarsiai. − Vilnius, 2004. – P. 63-78.
18. Tyla, Antanas. Domaševičiaus namas [Vilniuje, kur yra gyvenęs ir J. Basanavičius]. – Iliustr. // Lietuvos TSR istorijos ir kultūros paminklų sąvadas. – Vilnius, 1988. – T. 1, p. 125-126.
19. UNESCO programos „Pasaulio atmintis” Lietuvos nacionalinis registras. – Vilnius,  2009, p. 13.
20. Valančiūtė, Janina. Paminklas daktarui Jonui Basanavičiui Vilniuje [atidengtas Vilniuje 2018 11 23]. – Iliustr. // Mokslo Lietuva. – 2018, gruod. 14, p. 6.

Parengė: Daiva Kiminaitė (VAVB), 2009